“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。

魔法少女奈叶StrikerS是由草川启造执导，大川透,小野大辅,中村悠一,柚木凉香,柿原彻也,高桥美佳子,植田佳奈,水树奈奈,斋藤千和,杉田智和,田村由香里,野上尤加奈,井上麻里奈,中原麻衣,久川绫,水桥香织,桑谷夏子,松冈由贵,又吉爱,真田麻美,百百麻子,成田剑,石原凡,清水香里,高森奈绪,唐娜·伯克,升望主演的日韩动漫，在2007年上映播出，二七一十四影院提供了魔法少女奈叶StrikerS在线观看，并且还可以支持手机看，不需要下载播放器,方便广大影迷。